Kuruma, gerçek ve tüzel kişiler başvurabilecekler. Başvuru sahibinin talebi üzerine başvuru gizli tutulacak. Başvuru; başvuru sahibinin adı ve soyadı, imzası, yerleşim yeri veya iş adresini ve Türkiye Cumhuriyeti vatandaşları için vatandaşlık kimlik numarasını, yabancılar için pasaport numarasını, başvuru sahibi tüzel kişi ise tüzel kişinin unvanı ve yerleşim yeri ile yetkili kişinin imzasını, varsa, merkezi tüzel kişilik numarasını ve yetki belgesini içeren Türkçe dilekçe ile yapılacak Bu başvuru, yönetmelikte belirlenen şartlara uyulmak kaydıyla elektronik ortamda veya diğer iletişim araçlarıyla da yapılabilecek.
     Yapılan başvurulardan; belli bir konuyu içermeyenler, yargı organlarında görülmekte olan veya yargı organlarınca karara bağlanmış uyuşmazlıklara ilişkin olanlar ve sebepleri, konusu ve tarafları aynı olanlar ile daha önce sonuçlandırılanlar incelenmeyecek.        
      Kuruma başvuruda bulunulabilmesi için, 6/1/1982 tarihli ve  2577 sayılı İdari Yargılama Usulü Kanununda öngörülen idari başvuru yolları ile özel kanunlarda yer alan zorunlu idari başvuru yollarının tüketilmesi gerekiyor. İdari başvuru yolları tüketilmeden yapılan başvurular ilgili kuruma gönderilecek. Ancak Kurum, telafisi güç veya imkânsız zararların doğması ihtimali bulunan hâllerde, idari başvuru yolları tüketilmese dahi başvuruları kabul edebilecek.            
      Kuruma, illerde valilikler, ilçelerde kaymakamlıklar aracılığıyla da başvurulabilecek.   
      Başvurulardan herhangi bir ücret alınmayacak.  Kuruma, yapılacak başvuruya idare tarafından verilecek cevabın tebliği tarihinden, idare başvuruya altmış gün içinde cevap vermediği takdirde bu sürenin bitmesinden itibaren altı ay içinde başvurulabilecek. Başvuru tarihi, dilekçenin Kuruma, valilik veya kaymakamlıklara verildiği, diğer hâllerde başvurunun Kuruma ulaştığı tarih olacak.    
      Dava açma süresi içinde yapılan başvuru, işlemeye başlamış olan dava açma süresini durduracak.      
      Kurumun inceleme ve araştırma konusu ile ilgili olarak istediği bilgi ve belgelerin, bu isteğin tebliğ edildiği tarihten itibaren otuz gün içinde verilmesi zorunlu. Bu süre içinde istenen bilgi ve belgeleri haklı bir neden olmaksızın vermeyenler hakkında Başdenetçi veya denetçinin başvurusu üzerine ilgili merci soruşturma açacak.       
      Devlet sırrı veya ticari sır niteliğindeki bilgi ve belgeler, yetkili mercilerin en üst makam veya kurulunca gerekçesi belirtilmek suretiyle verilmeyebilecek. Ancak, Devlet sırrı niteliğindeki bilgi ve belgeler Başdenetçi veya görevlendireceği denetçi tarafından yerinde incelenebilecek.       
       İnceleme ve araştırma konusu ile ilgili olarak Başdenetçi veya denetçiler bilirkişi görevlendirebilecek.     
       İnceleme ve araştırma konusu ile ilgili olarak Başdenetçi, denetçiler veya uzmanlar tanık ya da ilgili kişileri dinleyebilecekler.     
       Kurum, inceleme ve araştırmasını başvuru tarihinden itibaren en geç altı ay içinde sonuçlandıracak.    
       Kurum, inceleme ve araştırma sonucunu ve varsa önerilerini ilgili mercie ve başvurana bildirecek. Kurum, başvurana, işleme karşı başvuru yollarını, başvuru süresini ve başvurulacak makamı da gösterecek.       
       İlgili merci, Kurumun önerileri doğrultusunda tesis ettiği işlemi veya Kurumun önerdiği çözümü uygulanabilir nitelikte görmediği takdirde bunun gerekçesini otuz gün içinde Kuruma bildirecek.     
        Başvurunun Kurum tarafından reddedilmesi hâlinde, durmuş olan dava açma süresi gerekçeli ret kararının ilgiliye tebliğinden itibaren kaldığı yerden işlemeye başlayacak.     
        Başvurunun Kurum tarafından yerinde görülerek kabul edilmesi hâlinde; ilgili merci Kurumun önerisi üzerine otuz gün içinde herhangi bir işlem tesis etmez veya eylemde bulunmaz ise durmuş olan dava açma süresi kaldığı yerden işlemeye başlayacak.     
         Kurumun, inceleme ve araştırmasını, başvuru tarihinden itibaren altı ay içinde sonuçlandıramaması hâlinde de durmuş olan dava açma süresi kaldığı yerden işlemeye başlayacak.     
         Kurum, her takvim yılı sonunda yürütülen faaliyetleri ve önerileri kapsayan bir rapor hazırlayarak Komisyona sunacak. Komisyon, bu raporu araverme ve tatil dönemleri hariç olmak üzere iki ay içinde görüşüp kendi kanaat ve görüşlerini de içerecek şekilde özetleyerek Genel Kurula sunulmak üzere hazırladığı raporu Başkanlığa gönderecek Komisyonun raporu Genel Kurulda ivedilikle görüşülecek.    
        Kurumun yıllık raporu, ayrıca Resmî Gazetede yayımlanmak suretiyle kamuoyuna duyurulacak.        
        Kurum; açıklanmasında fayda gördüğü hususları yıllık raporu beklemeksizin her zaman kamuoyuna duyurabilecek.    
        Kurumun faaliyetleri hakkında açıklama yapmaya Başdenetçi veya görevlendireceği denetçi yetkili bulunuyor..