Yeni düzenleme uyarınca; Yönetmeliğin altı ve yedinci maddelerinde belirtilen şartları sağlamayanlar, tapu tescil işlemleri bitirilmiş alanlar keşif raporları ile, c) Kiralama ve/veya tahsis yoluyla kullanım hakkı alınmayan, 22/11/2001 tarihli ve 4721 sayılı Türk Medeni Kanununun 708 inci, 715 inci ve 999 uncu maddeleri, 31/8/1956 tarihli ve 6831 sayılı Orman Kanunu, 21/6/1987 tarihli ve 3402 sayılı Kadastro Kanununun 16 ncı maddesinin (B) bendi ve 25/2/1998 tarihli ve 4342 sayılı Mera Kanunu hükümleri uyarınca, devletin hüküm ve tasarrufu altında bulunan ve kamu yararına olan taşınmaz mallar ile kadastro geçmemiş birimlerde tarım arazisi vasfı olmayan ve yeni tarıma açıldığı tespit edilen alanlar üzerinde tarımsal üretimde bulunulan araziler, kiralama ve/veya tahsis yoluyla kullanım hakkı alınmayan Mülkiyeti kamulaştırılan araziler, üzerinde tarımsal faaliyet yapılmayan arsa ve arazilerle halihazırda taşlık, kayalık ve ham toprak vasfında olan araziler, kira sözleşmesi olmayan, sahibi ölmüş ve mirasçıları bulunamayan tarım arazileri ve maliki ölmüş olmakla birlikte tapu kayıtlarında mirasçıları adına intikali yapılmamış araziler Çiftçi Kayıt Sistemine kayıt edilemeyecek.

              Çiftçinin ve tarımsal faaliyet bilgilerinin ÇKS’ye kayıtlı olması, ÇKS’ye bağlı olarak yapılabilecek uygulamaların diğer şartlarını yerine getirmeksizin bu uygulamalardan yararlanma hakkı doğurmayacak. ÇKS’yeyapılan kayıtlar, esas olarak tarımsal faaliyetin belirlenmesine yönelik olacak. Bu kayıtlar hiçbir şekilde mülkiyet tespitinde esas alınmayacak ve mülkiyet hakkı doğurmayacak.

             Yönetmeliğin uygulamasında Bakanlık bünyesindeki elektronik ortamda bulunan verilerden ve ihtiyaç halinde diğer kurum ve kuruluşların veri tabanlarında yer alan elektronik verilerden yararlanılır. Bu Yönetmelik hükümlerinin uygulanması sonucunda, ÇKS veri tabanında yer alan veriler Bakanlıkça oluşturulacak diğer bilgi sistemlerine entegre edilebilecek.

           Yeni Yönetmelik hükümleri çerçevesinde ÇKS’ye kayıt olanlar, verilerin kullanım ve paylaşım hakkının Bakanlıkta olduğunu kabul edecekler. ÇKS’de yer alan veriler, mevzuatları gereği kullanma ihtiyacı duyan kurum ve kuruluşlarla şartları Bakanlık tarafından belirlenecek usul ve esaslar çerçevesinde izleyici olarak paylaşılacak.

           Bu Yönetmelik kapsamındaki işlemleri yürütmek üzere sistem yöneticisi ve il/ilçe sistem sorumlularınca kendilerine kullanıcı adı ve şifresi verilenler, bunları hiçbir surette başkaları ile paylaşamayacak. ÇKS verileri paylaşılan kurum ve kuruluşlar, Bakanlıkça belirlenen usul ve esaslar çerçevesinde hareket etmek zorunda olacaklar. Bu hükme aykırı davrananlar doğacak zararların tazmininden sorumlu olacak.

            Bu Yönetmelikle kendilerine verilen görev ve sorumluluklarının gereklerine aykırı hareket edenler hakkında ilgili mevzuat hükümlerine göre idari ve adli işlem uygulanacak.

              16/4/2005 tarihli ve 25788 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan Çiftçi Kaytı Sistemi Yönetmeliği yürürlükten kaldırılmış olup söz konusu Yönetmeliğe yapılan atıflar bu Yönetmeliğe yapılmış sayılacak.

          2014 üretim yılına ilişkin ÇKS başvuruları 30/6/2014 tarihinde sona erecek. Bu tarih gerekli görüldüğü takdirde Bakanlık tarafından uzatılabilecek. Çiftçilerin bu tarihten sonra sahip oldukları veya kiraladıkları tarım arazileri hariç olmak üzere ÇKS’ye yeni bir çiftçi ve arazi kaydı yapılamayacak. Mücbir sebeplerden kaynaklanan üretim bilgisi değişiklikleri üretim yılı içerisinde yapılabilecek.

             Yönetmeliğin 7 nci maddesinde köşe noktaları koordinat değerlerini içeren keşif raporları ile kayıtları yapılacağı belirtilen tarım arazilerinin 2014 üretim yılı kayıtları, bu araziler için daha önceki üretim yıllarında hazırlanan köşe noktaları koordinat değerlerini içeren ve/veya içermeyen keşif raporları ile yapılabilecek.

             Yeni Yönetmelik 1/11/2013 tarihinden geçerli olmak üzere yayımlandığı tarih olan 27 mayıs 2014 tarihinde  yürürlüğe girmiş bulunuyor.