213 sayılı Vergi Usul Kanunu ve 6102 sayılı Türk Ticaret Kanununun ilgili hükümlerine göre mükellefler, gerek düzenledikleri, gerekse adlarına düzenlenen faturaları, yasal süreler dahilinde muhafaza ve istendiğinde ibraz etmekle yükümlüler. e-Faturanın veri bütünlüğünün sağlanması ile kaynağının inkar edilemezliği Mali Mühürle garanti altına alınıyor. Mührün doğruluk ve geçerlilik kontrolünün ancak elektronik ortamda yapılabilmesi nedeniyle e-Faturanın kağıda basılarak saklanması söz konusu değil. Bu nedenle mükellefler, düzenledikleri ve aldıkları e-Faturaları, üzerindeki Mali Mührü de içerecek şekilde kanuni süreler dahilinde kendi bünyelerindeki elektronik, manyetik veya optik ortamlarda muhafaza ve istendiğinde elektronik, manyetik veya optik araçlar vasıtasıyla ibraz edecekler.

   Elektronik fatura uygulamasında düzenlenen ve alınan faturalara ilişkin olarak Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından saklama hizmeti verilmiyor. Portal üzerinden düzenlenen ve alınan faturalar, mükellefler tarafından arşivlenerek kendi bilgi işlem sistemlerinde veya Başkanlığımızdan saklama hizmeti konusunda yetki almış kuruluşların bünyesinde saklanacak. Portalda bulunan arşivleme bölümü sadece gelen ve gönderilen faturaların pasife çekilerek posta kutusunda ve gönderilenler kutusunda yer alan fatura trafiğinin rahatlatılmasına yönelik olarak hazırlanmış bir ekran olup bu ekrandaki faturaların kullanıcı tarafından kendi bilgisayarlarına indirilerek, bünyelerinde veya saklamacı kuruluşlar nezdinde muhafaza edilmesi gerekiyor.

   “Temel fatura” ile “ticari fatura” arasında sadece faturaya sistem üzerinden itiraz imkanı açısından farklılık bulunuyor..

    Her iki fatura da sistemler tarafından alınmak zorunda. Alınan ticari faturaya e-fatura uygulaması üzerinden Red veya Kabul mesajı gönderilmesi imkanı var. Temel faturaya itiraz ise e-fatura uygulaması üzerinden değil harici yollarla yapılabiliyor..

   e-Fatura uygulamasına kayıtlı kullanıcılar, uygulama kapsamında, uygulamadan yararlanma yöntemine ve gönderilen e-Faturanın senaryo tipine (temel/ticari) bakılmaksızın, gelen e-faturaları almaktan imtina edemeyecekler ve Başkanlığın yayımladığı şema/şematron kontrolleri ile imza doğrulaması hatası dışında reddedemeyecekler. Entegrasyon ve özel entegratör yöntemini kullanan mükellefler, Başkanlığın belirlediği şema ve şematron dışında kurallar belirleyemeyecek ve kullanamayacaklar. Aksi yönde hareket eden entegratör ve özel entegratörlerin, entegrasyon izinleri Başkanlık tarafından iptal edilebilecek.

   e-Fatura uygulamasına kayıtlı kullanıcıların, e-Faturalara itiraz yöntemleri teknik kılavuzlarda düzenlenmiş olup, temel fatura kapsamında düzenlenen faturalara mükellefler, mevzuat hükümleri çerçevesinde muhasebe kayıtlarına alıp iade faturası düzenleyerek ya da muhasebe kayıtlarına almadan harici yollar ile sistem dışından itiraz edebilecekler. Ticari fatura senaryosu kapsamında düzenlenen faturalarda ise uygulama yanıtı ile faturalar kabul ya da red edilebilecek.