Projenin yürütüldüğü kurum tarafından kamu bankalarından birinde San-Tez projesi için özel bir hesap açtırılacak. Projeye yönelik her türlü harcama, proje yürütücüsünün talebi üzerine proje özel hesaplarını tutan birim tarafından proje kapsamında açılan banka hesabından yapılacak.
           
  Bakanlık ve firma katkısı, proje sözleşmesinde belirtilen dönemler itibariyle proje özel hesabına aktarılacak. Firma tarafından taahhüt edilen ve ödeme dönemlerine uygun olarak proje özel hesabına yatırılması gereken miktarların yatırılmaması halinde, bu ödeme gerçekleşinceye kadar Bakanlıkça destek sağlanmayacak.
        
Bakanlık katkısının ödenmesinde, ödeme belgesine proje sözleşmesinin ilgili kısımları bağlanacak.
       
  Proje sözleşmesinde öngörülen mal ve hizmetlerin satın alınması talebi, proje yürütücüsü tarafından ilgili birime yapılacak. Alımlar, yükseköğretim kurumlarında 1/12/2003 tarihli ve 2003/6554 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile yürürlüğe konulan Yükseköğretim Kurumları Tarafından, 4734 Sayılı Kamu İhale Kanununun 3 üncü Maddesinin (f) Bendi Kapsamında Yapılacak İhalelere İlişkin Kararda belirlenen esaslara, vakıf üniversitelerinde ise kendi alım esaslarına göre yapılacak ve sonuçlandırılacak.
         
   Proje kapsamında yer alan mal ve hizmetler, proje ortaklarına ait firmalardan satın alınamaz, alınması halinde bunlara ait bedeller proje özel hesabına iade edilecek.
         
  Teknik şartnamenin hazırlanması, satın alınan mal ve hizmetlerle ilgili muayene ve kabul komisyonları proje personeli tarafından yerine getirilir. Proje personeli ayrıca, ihale komisyonlarında da teknik üye olarak yer alacak.
         
    Projenin yürütülmesi sırasında, proje sözleşmesinin eki olan proje dokümanlarında yer alan ve Bakanlık tarafından onaylanan harcamaların gerçekleştirilmesi gerekiyor. Yapılan harcamalara ilişkin mali ve hukuki sorumluluk kuruma ait olacak..
     
    5018 sayılı Kamu Malî Yönetimi ve Kontrol Kanununun 35 inci maddesi gereğince yılı bütçe kanunu ile mal ve hizmet alımlarına yönelik olarak il merkezleri için belirlenen avans limitinin on katına kadar avans verilebilecek.
      
    Avans talebi ilgili birime yapılacak. Talep edilen avans tutarı, proje hesabında yer alan tutarların kontrolünü müteakip, harcama yetkilisi tarafından onaylandıktan sonra muhasebe yetkilisince en geç iki iş günü içerisinde yürütücü tarafından belirlenen proje mutemedinin banka hesabına aktarılacak. Proje mutemedinin görevlendirilmesine ilişkin yazıda mal veya hizmetin ne kadar süre içinde alınacağı ve bir ayı geçmemek üzere avansın hangi süre içinde mahsup edileceği belirtilecek.
     
      Mahsup işlemi, yapılan harcamaların ilgili birim tarafından proje bütçesine uygunluğunun kontrolünü müteakip gerçekleştirilecek.
     
    Avansın verildiği tarihten önceki bir tarihi taşıyan harcama belgeleri avansın mahsubunda kabul edilmeyecek.
       
    Avans hangi iş için verilmişse yalnızca o işte kullanılacak ve bir avansın usulüne uygun mahsubu yapılmadan yeni avans verilmeyecek.
       
   Mahsup evrakında yer alan fatura veya benzeri belgelerin tamamı proje yürütücüsü ve/veya sorumlu proje mutemedi tarafından imzalanacak.
       
   Satın alınan mal ve hizmete ilişkin olarak düzenlenen fatura ya da fatura yerine geçen belgeler ilgili kurum adına San-Tez proje kodu belirtilerek düzenlenecek. Doğrudan temin suretiyle yapılan satın almalara ilişkin düzenlenen fatura ya da fatura yerine geçen belgeler proje yürütücüsü tarafından "Piyasa fiyat araştırması yapılmıştır" şerhi düşülerek imzalanacak.
        
  Satın alınan dayanıklı taşınırlar, 28/12/2006 tarihli ve 2006/11545 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile yürürlüğe konulan Taşınır Mal Yönetmeliği gereğince bağış işlem seçeneği ile taşınır işlem fişi düzenlenerek kurumun envanterine alınacak ve söz konusu taşınırlar, bunları kullanacak proje yürütücüsüne ya da proje yürütücüsünün belirleyeceği proje kapsamında kurumda çalışan bir başka kişiye zimmetlenecek. Tüketime yönelik mal ve malzemeler ise muayene kabul komisyon tutanağı düzenlenerek doğrudan proje yürütücüsünün kullanımına tahsis edilecek.
        
  Bu Yönetmelik ile desteklenen proje kapsamında satın alınan ve proje sonuçlarının uygulanmasına yönelik olarak kullanılacak makine ve donanımların mülkiyeti projenin tamamlanmasını müteakip, proje sözleşmesinde belirlenen şekilde ve Bakanlığın onayı ile ya kurumun kayıtlarında kalır ya da proje ortağı firmaya devredilecek
        
   Projenin bu Yönetmelik hükümleri çerçevesinde iptal edilmesi durumunda, proje kapsamında alınan makine donanımın mülkiyeti ile ilgili tasarruf Bakanlığın olacak.
      
     Proje kapsamında yapılacak ödemelere ilişkin gider işlemleri bu Yönetmelik ve genel hükümler çerçevesinde kurumun ilgili birimleri tarafından yerine getirilecek.
        
   Gerçekleştirme görevlisinin imzasını müteakip; proje yürütücüsünün harcama yetkilisi olması halinde proje yürütücüsü tarafından, diğer hallerde ise ilgili kurumun belirlediği harcama yetkilisi tarafından verilen talimata istinaden en geç 2 iş günü içinde muhasebe yetkilisi tarafından ödenecek.
        
   Proje özel hesabına transfer edilen miktarlar ve projeye ilişkin giderler, kurum gelir-gider hesaplarına yansıtılmaksızın, proje bazında emanet hesaplarda izlenecek.
        
   Proje giderlerinin ayrıntılı takibini sağlamak amacıyla Bakanlık tarafından hazırlanan Ar-Ge web portal içerisinde, projede belirtilen bütçe kalemleri itibariyle kurumca muhasebe kayıtları tutulacak..
     
     San-Tez projeleri ile ilgili her türlü işlem ve harcamalara ilişkin belgeler, ilgili kurumda genel hükümlere göre muhafaza edilir ve denetime hazır halde bulundurulacak.
          
   Yapılacak mal veya hizmet alımlarına ilişkin ödemelerde, ödeme karşılığında alınan fatura veya fatura yerine geçen belge ve diğer belgelerin bağlanması esas olup bunun dışında 31/12/2005 tarihli ve 26040 üçüncü mükerrer sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan Merkezi Yönetim Harcama Belgeleri Yönetmeliğinde belirtilen gider belgelerine ilişkin hükümler (taşınır işlem fişi hariç olmak üzere) kıyasen uygulanacak.
         
     Proje ile ilgili sahte ve muhteviyatı itibarıyla yanıltıcı belge ve bilgi verilmesinden dolayı haksız ve yersiz ödeme yapıldığının tespiti halinde, Bakanlık tarafından proje iptal edilecek ve yapılan ödemeler projenin yürütüldüğü kurumdan kanuni faizi ile genel hükümlere göre tahsil edilecek. Ayrıca fiilin 26/9/2004 tarihli ve 5237 sayılı Türk Ceza Kanunu açısından suç teşkil etmesi halinde ilgililer hakkında genel hükümlere göre işlem yapılacak.
        
    Proje özel hesabına bu hususların dışında Bakanlık tarafından desteklenen proje kapsamında sehven fazla ödeme yapıldığının tespiti durumunda; fazla ödenen tutar Bakanlık tarafından projenin yürütüldüğü kuruma bildirim yapılmasını takip eden iki ay içerisinde Bakanlığa iade ve fazla ödenen tutarın yürütücü kuruma bildirilmesini takip eden iki ay içerisinde Bakanlığa iade edilmemesi durumunda, kanuni faizi ile genel hükümlere göre tahsil edilecek..