Projenin amaç ve hedeflerine uygun olarak yürütülüp yürütülmediğini değerlendirmek üzere Bakanlık tarafından bir veya birden fazla izleyici görevlendirilecek. İzleyici, proje yürütücüsü tarafından kendisine gönderilen gerçekleşme raporunu da dikkate alarak projeyi yerinde inceleyecek ve izleme raporunu hazırlayarak Ar-Ge webportalı üzerinden ve/veya ıslak imzalı olarak Bakanlığa gönderecek. Bakanlık, izleyiciyi gerekli görülen durumlarda da projeyi izlemek üzere görevlendirebilecek.
           
  Bakanlık gerek duyması halinde izleyici değişikliği yapabilecek.
       
   Bakanlık destek sürecinde ya da projenin tamamlanmasının ardından proje faaliyetlerinin incelenmesi ve proje sonuçlarının takip edilmesi amacıyla proje ortaklarından her türlü bilgi ve belgeyi isteyebilecek; belirleyeceği San-Tez proje yürütme grubu üyelerini, gerektiğinde projeyi yerinde inceleme ve proje sonuçlarını takip etmekle görevlendirebilecek.
         
  Yapılan inceleme sonucunda öngörülen amaç ve çalışma programına uygun biçimde yürütülmediği anlaşılan projeler Bakanlık tarafından geçici olarak durdurulabilecek.
           
  Mücbir sebeplerle veya proje ortaklarının kusur ve ihmalinden kaynaklanmayan nedenlerden dolayı yürütülmeleri geçici olarak olanaksız hale gelen projeler firmanın ve/veya proje yürütücüsünün başvurusu üzerine Bakanlık tarafından geçici olarak durdurulabilecek
           
  Proje yürütücüsünün başvurusu ve/veya Bakanlık tarafından yapılan inceleme sonucunda, durdurma gerekçelerinin ortadan kalkması halinde Bakanlık tarafından proje yeniden başlatılır ve durdurma süresi proje süresine ilave edilecek.
         
  Durdurma sonrasında, proje yürütücüsünün başvurusu ve/veya Bakanlık tarafından yapılan inceleme sonucu yürütülmeleri olanaksız hale geldiği tespit edilen projeler, Bakanlık tarafından iptal edilecek.
          
Projenin durdurulması veya iptal edilmesi durumunda karar, proje yürütücüsüne, firmaya ve kuruma bildirilecek.
            
  Projenin iptal edildiği durumlarda proje kapsamında satın alınan dayanıklı taşınırlar ve niteliğine bağlı olarak, kalan sarf malzemesinin mülkiyetinin tasarrufu Bakanlığın yetkisinde bulunuyor. Projenin yürütüldüğü kurumun yetkilisi tarafından proje yürütücüsünden teslim alınarak, benzer araştırmalar yapan diğer araştırmacıların hizmetine verilebilecek. Bu durumda talebin yerine getirildiği hususunda projenin yürütüldüğü kurum tarafından Bakanlığa yazılı olarak bilgi verilecek.
           
  Proje yürütücüsünün kusur ve ihmalinden kaynaklanan nedenlerden dolayı iptal edilen projede görev alan proje yürütücüsü, iki yıl boyunca San-Tez programı kapsamında görev alamayacak.
              
   İptal edilen projelerde, kurumun kusurlu olduğunun tespit edilmesi durumunda, proje kapsamında yapılan kurum hissesi ödemelerine ilişkin tutarlar, kararın kuruma bildirimini izleyen 30 gün içerisinde Bakanlık tarafından bildirilen banka hesabına iade edilecek. İade edilmediği takdirde, kanuni faizi ile genel hükümlere göre tahsil edilecek. Bakanlık, bu alacağını kuruma yapacağı diğer kurum hissesi ödemelerinden mahsup etme yetkisine haiz bulunuyor
        
    İptal edilen projelerde proje ortağı firmanın kusurlu olduğunun tespit edilmesi durumunda firma, 2 yıl boyunca San-Tez programı desteklerinden yararlanamayacak.
         
    Hibe şeklindeki diğer kaynaklardan desteklendiği tespit edilen projeler, Bakanlık tarafından iptal edilecek.
          
    Program kapsamında desteklenen projeler ile ilgili kapsam, süre, bütçe ve idari konularda gerekçeli olarak Genel Müdürlüğe sunulan değişiklik talepleri, San-Tez programı yürütme grubu tarafından, gerek görülmesi halinde izleyici görüşü de dikkate alınmak suretiyle değerlendirilip onaylandıktan sonra yürürlüğe girecek.
             
   Projelerde satın alınması öngörülen mal ve hizmetlerin türünün ve niceliğinin değişmemesi kaydıyla makine donanım, sarf malzeme ve hizmet alımı kalemleri arasında yapılacak aktarmalar ile seyahat kaleminden diğer kalemlere yapılacak aktarmalar, proje yürütücüsü tarafından değişikliklere ait gerekçeler belirtilmek suretiyle kuruma ve Bakanlığa bilgi verildikten sonra gerçekleştirilecek.
              
     San-Tez programının uygulama usul ve esaslarına uygun olarak proje sonuçlandırma işlemleri gerçekleştirilecek.
           Projenin erken sonlandırılmasına yönelik bir talep olması halinde, proje ortakları gerekçeli bir yazıyla Genel Müdürlüğe başvuracak. Talebin, Genel Müdürlük tarafından uygun görülmesi durumunda proje sonuçlandırma işlemleri yapılacak.