Yeni uygulamada, 6111 sayılı Kanunun  “Kayıtlarda yer aldığı halde işletmede bulunmayan emtia, kasa mevcudu ve ortaklardan alacaklar” başlıklı 11 inci maddesinin; birinci fıkrasına göre gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin işletmelerinde mevcut olmayan emtialarını, fatura (ş.abacı) düzenlemek ve her türlü vergisel yükümlülükleri yerine getirmek suretiyle kayıtlarına intikal ettirmeleri için öngörülen 31 Mayıs 2011 tarihi, 30 Haziran 2011 tarihine, ikinci fıkrasına göre işletmede bulunmayan kasa mevcudu ve ortaklardan alacakların beyan edilmesine ve maddeye göre hesaplanan verginin ödenmesine ilişkin süre 31 Mayıs 2011 tarihinden, 30 Haziran 2011 tarihine uzatılmış bulunuyor.
           Ancak, 2011/1713 sayılı Kararnamenin yayım tarihinden önce 6111 sayılı Kanunun 11 inci maddesinin birinci fıkrasına göre kayıtlara alınmış olan emtia ile ilgili vergisel yükümlülükler (beyan ve ödeme) ise sürelerinde yerine getirilecek ve faturaların düzenlendiği döneme ilişkin beyannamelerde beyan edilecek.
            2011/1713 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı kapsamında başvuru ve ödeme süresi uzatılan alacaklar ile ilgili olarak anılan Kararnamenin yayımı tarihinden önce (30/4/2011) Kanun hükümlerinden yararlanmak üzere başvuruda bulunanların, 6111 sayılı Kanun kapsamında yapacakları ilk taksite ilişkin ödeme süresi de (peşin ödeme seçeneği tercih edilmiş olanlar dahil) bu açıklamalar çerçevesinde 1 ay uzuyor..
               6111 sayılı Kanunun 3 üncü maddesinin 9 uncu fıkrasına göre taksit ödeme süresince mükelleflerin beyanı üzerine tahakkuk edecek yıllık gelir veya kurumlar vergisi, gelir (stopaj) vergisi, kurumlar (stopaj) vergisi, katma değer vergisi, özel tüketim vergisi ve bu vergilerle birlikte tahakkuk eden damga vergisini vadesinde ödeme şartına yönelik herhangi bir süre uzatımı söz konusu olmayıp, ilk taksit ödeme süresi başlangıç tarihi olan 1 Mayıs 2011 tarihinden itibaren başlayan bu yükümlülüğün anılan Kanunda öngörüldüğü şekilde yerine getirilmesi gerekiyor.
             Mükelleflerce, 6111 sayılı Kanunun İkinci Kısmının İkinci Bölümünün “Pişmanlıkla ya da kendiliğinden yapılan beyanlar” başlıklı 5 inci maddesi kapsamında, matrah ve vergi artırımı kapsamına girmeyen vergi türleri de dahil olmak üzere bütün vergi türleri itibarıyla beyanda bulunulması mümkün olup, bu kapsamda yapılan beyanlar üzerine tarh ve tahakkuk ettirilen vergilerin tamamı ile hesaplanacak pişmanlık zammı veya gecikme faizi yerine Kanunun yayımlandığı tarihe kadar TEFE/ÜFE aylık değişim oranları esas alınarak hesaplanacak tutarın; Kanunda belirtilen süre ve şekilde tamamen ödenmesi şartıyla pişmanlık zammı veya gecikme faizi ile vergi cezalarının tamamının tahsilinden vazgeçiliyor. Anılan hüküm çerçevesinde matrah ve vergi artırımı kapsamına giren vergi türleri için beyanda bulunulması, mükelleflere söz konusu vergiler için vergi incelemesi ve tarhiyat yapılmaması bağışıklığı sağlamıyor.
              Bu nedenle, mükelleflerin 6111 sayılı Kanun hükümlerinden yararlanmak üzere, Kanunun 5 inci maddesi uyarınca “Pişmanlıkla ya da kendiliğinden yapılan beyanlar” kapsamında yapmış oldukları başvuruların her ne sebeple olursa olsun, matrah ve vergi artırımı hükümlerinden yararlanılmak üzere düzeltilmesinin talep edilmesi halinde, bu düzeltme talepleri, 6111 sayılı Kanunun başvuru süresi içerisinde ve sadece ilgili olduğu vergi türleri itibarıyla yerine getirilebilecek. Mükelleflerin bu yöndeki talepleri vergi dairelerince değerlendirilecek matrah ve vergi artırımına ilişkin yeni bildirimlerin alınmasını müteakip gerekli düzeltme işlemleri yapılacak.
            213 sayılı Kanunun 359 uncu maddesinin (b) fıkrasındaki "defter, kayıt ve belgeleri yok edenler veya defter sahifelerini yok ederek yerine başka yapraklar koyanlar veya hiç yaprak koymayanlar veya belgelerin asıl veya suretlerini tamamen veya kısmen sahte olarak düzenleyenler" 6111 sayılı Kanunun 6, 7 ve 8 inci madde hükümlerine göre matrah ve vergi artırımından yararlanmaları mümkün bulunmadığından, bu mükelleflerin yapmış oldukları matrah ve vergi artırımı taleplerinin de kabul edilmemesi ve tahakkuk eden vergilerin terkin edilerek tahsil edilen tutarların kendilerine red ve iadesi gerekiyor.