Çiftçilerin, 1/2/2012 tarihinden itibaren 16/3/2012 günü mesai saati bitimine kadar Ek-4’e uygun İTUD başvuru dilekçesi ile ÇKS’ye kayıtlı oldukları il/ilçe müdürlüklerine başvuru yapmaları gerekiyor.               
  Çiftçiler başvuru dilekçesi ekinde, 1/1/2011 ile 31/12/2011 tarihleri arasında düzenlenen ve 2011 yılında geçerli olan İTU sertifikası ile birlikte Ek-5’e uygun olarak yetkilendirilmiş kuruluşlarca düzenlenmiş İTU sertifika ekini ibraz etmek zorundalar.             
2011 yılında düzenlenmeyen veya önceki yıllarda düzenlenmekle birlikte geçerliliği 2011 yılında da devam eden sertifikalar ile yapılan başvurular kabul edilmeyecek.              
   Yetkilendirilmiş kuruluşlarca düzenlenecek Ek-5 belgesi, çiftçilerin il/ilçe müdürlüklerinden alacakları 2011 üretim sezonuna ait ÇKS belgesi ile Ek-6’ya uygun olarak hazırlanan ÖKS kayıt belgesi esas alınarak tanzim edilecek.                 
Örtü altı için İyi Tarım Uygulamaları desteği başvurusunda bulunan çiftçiler, ayrıca il/ilçe müdürlüklerinin ilgili birimlerinden alacakları Ek-6’ya uygun olarak hazırlanan ÖKS belgesini başvuru dosyasında ibraz edecek..                
İl/ilçe müdürlükleri Ek-4’e uygun başvuru dilekçesi, İTU sertifikası, Ek-5 ve varsa örtü altı üretim alanları için Ek-6 belgesi ile çiftçilerin başvurularını kabul ederek ÇKS’ye kaydedecek.             
Yeni Tebliğ kapsamında çiftçilerden talep edilen belgelerin aslının ibrazı durumunda, bu belgenin örneği, başvuru yapılan il/ilçe müdürlükleri tarafından “Aslı Görülmüştür” ibaresi ile onaylanarak kabul edilecek. Asıl nüsha, üzerine görünür şekilde "İyi Tarım Uygulamaları desteği ödemesinde esas alınmıştır" ibaresi konularak çiftçiye iade edilecek.                
İTUD ödeme icmalleri, il/ilçe müdürlükleri tarafından en geç 27/4/2012 tarihine kadar oluşturulacak. İl/ilçe müdürlükleri en geç 1/5/2012 tarihine kadar her ilçe merkezinin Ek-2’deki İTUD icmal-1’i ilçe merkezinde ve köyün/mahallenin İTUD icmal-1’i kendi köyünde/mahallesinde ilgili ilçe müdürlükleri veya muhtarlıklar marifetiyle yirmi iki gün süreyle askıya çıkarılacak. Askıya çıkma tarihi ve saati ile askıdan indirme tarihi ve saati tutanağa bağlanacak. Tutanak muhtar ve/veya aza tarafından güncel tarihle imzalanacak. Askı süresince herhangi bir itiraz olmaz ise icmallerdeki bilgiler doğru kabul edilecek. Daha sonra yapılacak itirazlar değerlendirmeye alınmayacak ve herhangi bir hak doğurmayacak. ÇKS’ye İTUD ile ilgili arazi miktarının eksik girilmesi durumunda, askı süresinde hatanın düzeltilmesi amacıyla başvurusu yapılmayan arazilerin eksik kısmı için İTUD ödemesi yapılmayacak.            
  İTUD icmal-1’lerinin askıda kalma süresi zarfında maddi hatalara ilişkin olarak yapılan yazılı itirazlar il/ilçe müdürlüklerine yapılacak olup, bu itirazlar 1/5/2012 tarihi ile 25/5/2012 tarihleri arasındaki yirmi beş gün içerisinde değerlendirilecek. İncelenen çiftçi dosyalarında gerçeğe aykırılığın bulunmaması ve askı süresince itiraz edilmemesi ya da itirazların değerlendirilerek sonuçlandırılması halinde, ÇKS’den alınan Ek-2’deki İTUD icmal-2’ler ilçe müdürlüklerince düzenlenip, onaylanacak ve il müdürlüklerine gönderilecek. İlçe müdürlüklerinden alınan İTUD icmal-2’ler ve il müdürlüklerinin onayladığı merkez ilçe İTUD icmal-2’si ile ÇKS’den alınan Ek-3’deki İTUD icmal-3’ün uyumu kontrol edilecek.                   
Yeni  Tebliğdeki başvuru bitiş tarihinden sonra askı süresi içinde verilen itiraz dilekçelerinde talep edilen değişiklikler dışında, çiftçinin beyanı ile ÇKS’de veya ÖKS’de yapılacak güncellemeler İTUD ödemesine esas teşkil etmeyecek.            
Değerlendirme sonucunda İTUD icmal-1’leri düzeltilemeyecek ya da bilgi ve belgelerle ilgili aykırılık, şikâyet ve/veya ihbar bulunması nedeniyle icmal-1’ler oluşturulamaz ise, durum ilçe tahkim komisyonuna intikal ettirilecek. İlçe tahkim komisyonunca çözümlenemeyen konular il tahkim komisyonuna gönderilecek.         
İlçe müdürlüklerinden alınan icmal-2’lerde gerçeğe aykırılık olması ya da il müdürlüklerine intikal eden şikâyet ve/veya ihbar olması durumunda, il müdürlüklerince bu sorunlar çözülmeye çalışılacak. Çözüme kavuşturulamayan konular, il tahkim komisyonuna bildirilir. İl tahkim komisyonunda çözümlenemeyen konular ise BÜGEM’e gönderilecek.               
İTUD icmal-2’lerinde gerçeğe aykırılığın bulunmaması ya da il müdürlüklerine intikal eden şikâyet ve/veya ihbarların, il müdürlüklerince çözümlenmesi hâlinde, ödemeye esas İTUD icmal-3’ler BÜGEM’e gönderilecek.